1968年、２年後（1970年）に開催の迫った「第２回世界女子選手権大会」への選手強化を目的に「日本女子リーグ」が創設された。1972年には「日本実業団女子リーグ」が併設され、1982年に統合。現在のリーグの原型が形作られ、1988年に「３部リーグ」を東・中・西の３地区で創設。一時はチーム数が増加し、東日本リーグ、中日本リーグではその中をさらに「Ａブロック」「Ｂブロック」に分ける等、拡大の一途を辿ったが、景気後退の波を受け、2000年には東・中・西の３地区制が「イースタン」「ウエスタン」の２地区制に移行。2002年には３部リーグとして一つになり、2006年には２部リーグ・３部リーグを統合。現在の１部・２部制となり、現在に至っている（女子リーグの情報は「日本女子ソフトボールリーグ機構」オフィシャルサイトでhttp://jsl-women.com）。

　男子は1972年にリーグを創設。1992年に２部リーグが作られ、１部・２部制となったが、2004年に１部・２部制から「東日本リーグ」「西日本リーグ」の地区制に移行。まずそれぞれのリーグの優勝チームを決め、上位４チームが決勝トーナメントに進出。その決勝トーナメントを最後まで勝ち抜いたチームが「真の日本リーグチャンピオン」となる試合方式で覇が競われてきた（※昨年（2018年）は東西の上位３チームが決勝トーナメントに進出。決勝トーナメントでは両リーグの１位チームに準決勝で待ち受ける“アドバンテージ”が与えられる等、これまでとは違う試合方式で王座が争われた）。

　2004年に「東日本リーグ」「西日本リーグ」制が導入されて以降、「東日本リーグ」ではホンダエンジニアリングが優勝９回と最多優勝回数を誇り、デンソーが優勝４回、2012年の第41回大会、2017年の第46回大会でトヨタ自動車が優勝した以外は、この２チームが優勝を独占してきた。

　一方、「西日本リーグ」では平林金属が2012年の第41回大会、2015年の第44回大会、昨年（2018年）の第47回大会と３度にわたってリーグ・決勝トーナメントの「二冠」を達成。ダイワアクトも2010年の第39回大会、2011年の第40回大会と２年連続でリーグ・決勝トーナメントの「二冠」を成し遂げている。